Детская инфекционная больница была открыта в 1937 году в г. Краснодаре по улице Ярмарочной ныне улица В.Головатого.
В 1972 году по решению исполкома горсовета было начато строительство нового здания детской инфекционной больницы по ул. Красных Партизан 6/5. Введенно в эксплуатацию в 1976 г., где и находится по настоящее время.
До 2005 года Детская инфекционная больница была муниципальным учреждением здравоохранения города Краснодара.