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牙髓干细胞有益于各种系统性疾病的细胞治疗，在再生医学研究方面的潜力十分巨大。目前，牙髓干细胞可以利用儿童自然脱落的乳牙或者成人的智齿为来源获取，并通过专业的技术进行分离扩增，最后长期保存在-196℃深低温环境中
免疫性疾病是免疫调节失去平衡影响机体的免疫应答而引起的疾病 。对于各种免疫和炎症相关疾病，牙髓干细胞被认为是颇具前景的候选细胞疗法。体外研究表明，牙髓干细胞比骨髓间充质干细胞更强地抑制了T细胞反应，在抑制辅助性T细胞方面具有显著效果。此外，牙髓干细胞移植能够有效逆转系统性红斑狼疮样小鼠的疾病进展。
肝病是指发生在肝脏的病变。据报告，牙髓干细胞可分化为肝细胞样细胞。牙髓干细胞移植恢复了四氯化碳处理过的小鼠的肝功能障碍。源自牙髓干细胞的肝细胞可能对肝纤维化具有治疗作用。