If you change your name your save game will see your new name as a new character. You can use a console command to swap your character back in-game: /swap-players old-username new-username
ということでコンソール（全角/半角キー）からコマンドを入力するものの、「Admin権限が無いのでコマンドが実行できないよ」と怒られる。headlessでホスト以外にadminを付与する方法を調べた。
factorio-current.log が出力されているディレクトリに server-adminlist.json を新規作成して、admin権限を与えるユーザ名をjson形式で列挙する。その後、factorioを再起動すればOK。（systemctlはconohaサーバのセッティングで利用しています）