Ústav informatiky je v souladu se svou zakládací listinou institucí základního výzkumu. Jeho hlavní cíle jsou:
Provádět výzkum v oblasti informatiky v souladu s aktuálními trendy v teorii a aplikacích informatiky a tyto trendy také spoluvytvářet.
Přenášet získané znalosti do společnosti, konkrétně vědecké komunitě, studentům a aplikačním oblastem vědy a výzkumu.