Οι δραστηριότητες του ΕΑΑ σε θέματα μετεωρολογίας ξεκίνησαν το 1858 όταν εγκαταστάθηκε ο πρώτος μετεωρολογικός σταθμός στο Θησείο. Το δίκτυο αυτό επεκτάθηκε στη συνέχεια σε όλη τη χώρα, μέχρι την ίδρυση της Εθνικής Μετεωρολογικής Υπηρεσίας στη δεκαετία του 1930. Από την ημερομηνία αυτή, το μετεωρολογικό δίκτυο του ΕΑΑ λειτουργεί με ευθύνη της ΕΜΥ, με εξαίρεση το σταθμό του Θησείου. Από το 1996 λειτουργεί και δεύτερος σταθμός του ΕΑΑ στην Πεντέλη. Το 2006 ξεκίνησε η προσπάθεια επέκτασης του δικτύου αυτόματων
Από το 1999, το Ινστιτούτο Ερευνών Περιβάλλοντος του ΕΑΑ ξεκίνησε την παροχή μετεωρολογικών προγνώσεων μέσω του Διαδικτύου, χρησιμοποιώντας σύγχρονα μετεωρολογικά μοντέλα πρόγνωσης καιρού: το μοντέλο BOLAM και το μοντέλο ΜΜ5 και WRF. Σήμερα οι προγνώσεις αυτές είναι οι πιο αναλυτικές που πραγματοποιούνται επιχειρησιακά στη χώρα μας, επιτρέποντας σε χιλιάδες χρήστες του Διαδικτύου να έχουν εύκολη πρόσβαση σε αξιόπιστες και λεπτομερείς προγνώσεις καιρού.
Το δίκτυο αυτόματων σταθμών του ΕΑΑ που αποτελείται από περίπου 205 σταθμούς τύπου Davis, οι οποίοι μετρούν όλες τις βασικές μετεωρολογικές παραμέτρους, δηλαδή πίεση, θερμοκρασία, υγρασία, βροχόπτωση, διεύθυνση και ένταση του ανέμου μεταδίδουν συνεχώς και σε πραγματικό χρόνο τις μετρήσεις απ΄όλη σχεδόν την Ελλάδα. Ορισμένοι σταθμοί καταγράφουν επίσης και την ηλιακή και υπεριώδη ακτινοβολία. Ολες οι καταγραφές (ανά 10 λεπτά) συλλέγονται σε πραγματικό χρόνο από το ΕΑΑ και αφού περάσουν από ποιοτικό έλεγχο, αρ